Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Madani Yogyakarta adalah perguruan tinggi yang spesifik menghasilkan tenaga kesehatan yang berakhlak mulia, profesional dan mampu mendakwahkan Islam sesuai dengan manhaj salafus shalih. Begitu pula sesuai dengan tujuan dan arah pembangunan nasional di bidang kesehatan yaitu mewujudkan bangsa yang maju dan mandiri serta sejahtera lahir dan batin pada pencapaian derajat kesehatan bangsa yang optimal agar memiliki mutu kehidupan tinggi, sehat jasmani dan rohani serta produktif.